Muzium Kesenian Islam mempunyai 12 galeri utama yang diklasifikasikan mengikut jenis artifak tersebar di tahap 3 dan 4. Tahap 3 daripada tuan rumah muzium Galeri Quran dan Manuskrip, Galeri Seni bina Islam, Galeri India, Balai Cina, Melayu lama Galeri Dunia serta Bilik Syria Uthmaniyah dibina semula sejak abad ke-19. Pelawat juga boleh meneruskan tingkat atas ke Tahap 4 yang menjadi tuan rumah paparan barang kemas, tekstil, senjata dan perisai, seramik dan kaca Islam purba .